体内肠道系统的微生物一旦不平衡，人体就会非常容易产生慢性炎症，自体免疫疾病等各种严重的健康问题随之产生。有愈来愈多的新研究显示：糖尿病普遍被认为是代谢疾病，但实际上是由于肠道健康不良所引起的自体免疫疾病。

    人体的肠道有许多细菌、真菌、黏膜组织及防护细胞，能够保护人体不受疾病的侵害。我们已经知道维持肠道益菌平衡是非常重要的，能帮助人体代谢食物及吸收营养素、抵抗外来异物和病原体，并可促进免疫功能及增强活力。
 
    肠道健康不良与第一型和第二型糖尿病的形成可能都有关系，这样的结果让许多人感到惊讶。刊载于《Body Ecology》期刊的研究指出，人体内的生态和肠道因子间复杂的关系即是促成糖尿病的主因。
 
    2010 年刊载于《Diabetes Care》期刊的一项研究即发现：糖尿病和内毒素血症 (endotoxemia，血液中出现一种有害病原体外膜的病症) 有关。研究显示，糖尿病似乎是慢性炎症及肠道失去保护，导致内毒素进入血液、引起损害所造成的结果。
 
    当肠道受到抗生素、不良饮食及环境毒素等负面因子影响而失去平衡，肠壁的保护屏障即会开始减弱并逐渐损坏，最坏的情况是导致肠道穿孔，使有害的病原体及毒素直接进入体内。如此一来，人体即会充满毒素，并导致各种严重的健康问题，包括自体免疫疾病、过敏、消化及肠道疾病。
 
    举例来说，当胰脏分泌胰岛素的功能受到病原体及毒素影响，就可能造成糖尿病。以第一型糖尿病来说 (第二型糖尿病有时候也会)，免疫系统会攻击制造胰岛素的腺体，即使利用胰岛素治疗，自体免疫反应仍会持续。
 
    解决的办法就是避免干扰及破坏肠道健康，包括使用麦麸、药物及抗生素等；大量摄取发酵食品及益生菌，以帮助恢复肠道菌群平衡、治疗肠道损害及炎症。

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